• Người dùng phải luôn online để đọc và viết nhiều e-mail. Họ không thể dễ dàng sửa chữa thư khi họ đang làm việc offline (trừ khi phải chép và dán nội dung thư).
• Những dịch vụ Webmail thương mại thường cung cấp không gian lưu trữ e-mail giới hạn và hoặc là hiện quảng cáo khi sử dụng hoặc gắn quảng cáo email được gửi. Không giống như phần mềm ở máy, người dùng không mặc định được giữ các tin nhắn vào máy tính của mình, mặc dù họ cũng có quyền lựa chọn để tải về và lưu trữ những email quan trọng vào máy tính, có thể làm bằng tay hoặc bằng phần mềm pop-mail.
• Phần lớn e-mail là những thông điệp ngắn, ở dạng thuần ký tự, nhở hơn 2 kB, nhưng khi sử dụng Webmail, e-mail gốc được lồng vào những mã HTML của Web site nên có thể lên đến 40 kB hoặc hơn nữa. Điều này có thể làm chậm đáng kể tốc độ sử dụng, đặc biệt là với đường truyền chậm.
• Những tài khoản Webmail thường là mục tiêu của spam.
• Những tài khoản Webmail bị cho là không an toàn.
• Những tài khoản Webmail miễn phí thường không dùng được cho những người dùng khiếm thị, do sử dụng giao diện trực quan.
• Webmail thường bị giới hạn về tốc độ và tính năng so với những chương trình xem email khác, một phần do sự hạn chế của HTML (trang web). Ví dụ như, khi những thư được đánh dấu xóa trong chỉ mục, những thẻ này thường mất đi khi có người đọc thư. Điều đó có nghĩa là bạn không thể đọc thư mà bạn cho là có thể phải xóa (để kiểm tra lại có nên xóa hay không) nếu bạn không xóa thẻ đã đánh dấu đi hoặc phải đánh dấu lại. Do đó sẽ càng bất tiện hơn khi muốn xóa nhiều thư một lúc.

Đối với những nhà cung cấp không cho phép giao thức POP3 một chương trình như FreePOPs có thể được dùng như một máy khách POP3 quy ước.